Земли вокруг современного города Мойковац на севере Черногории были населены еще в античные времена иллирийскими племенами, впоследствии завоеванными римлянами. Наибольшую известность эти места уже приобрели в эпоху сербской королевской династии Неманичей.
В XIII веке к востоку от современного города в местечке Брсково были открыты рудники, на которых добывали металлы: свинец, цинк, медь, а главное – серебро. Здесь же в 1254 году во время правления короля Стефана Уроша I был открыт монетный двор. Брсково развивалось и как крупный торговый центр, находящийся на пути из внутренних районов Сербии в приморские города Котор и Дубровник. Одно время здесь располагался королевский двор, а также дипломатическое представительство Дубровницкой республики. К концу XIV века население города было уничтожено чумой. В последствии в других областях средневековой Сербии были открыты более богатые залежи серебра. Это привело к постепенному запустению и полному исчезновению города. Находился он на высоком холме примерно в шести километрах к востоку от современного Мойковца. Сейчас этот холм покрыт густым лесом. Первые археологические исследования были начаты здесь совсем недавно, в 2011 году. Ведутся крайне медленно из-за сложных природно-географических условий.
На месте современного административного центра Мойковца в Средние века находилось небольшое село Пожар. Относительно происхождения современного названия города есть две версии. Первая связана с действовавшем в Брсково монетным двором: название Мойковац расшифровывают как “Moj kovani novac”, что означает “Мои монеты”. Вторая версия говорит о происхождении названия от личного имени Мойко.
С начала XV века здесь устанавливается власть Османской империи. Нужно отметить, что местное православное население постоянно сопротивлялось турецким захватчикам. То и дело вспыхивали восстания, особенно после того, как в 1651 году была построена ныне разрушенная Колашинская крепость. После Великой войны 1876-78 гг граница между Черногорией и Османской империей прошла по реке Таре, и Мойковац, находящийся на другом ее берегу, остался на оккупированной территории. Город был освобожден войсками короля Николы только во время Первой Балканской войны в 1912 году, тогда он и вошел в состав Черногорского королевства.
В 1955 году Мойковац стал центром нового муниципалитета, в территорию которого вошли части земель муниципалитетов Колашин и Биело Поле.